在LED前，熒光蛋白激發光源常用光源為100w的高壓汞燈（高強度紫外線燈），在LED激發光源普遍后，就成為熒光蛋白激發光源的主要光源。LED發射的單色光位于相對較窄的光譜帶中，半高寬約為10nm-40nm，相對于高壓汞燈，LED激發光源有幾個重要優勢：
1）額定使用壽命可達五萬小時以上，遠遠超過其他光源；
2）整個額定使用壽命期間，其輸出強度保持相對穩定，確保激發；
3）LED啟動和關閉時間短，即開即用，不需要預熱；
4）LED光效高，且亮度連續可調；
5）體積小、輕便，且為冷光源，彌補汞燈的大功率、發熱、使用復雜燈問題，大大的降低了熒光蛋白激發光源使用成本并提高熒光蛋白激發光源操作的簡便性。
對于熒光蛋白激發光源來說，尤其是單色激發的熒光蛋白激發光源，LED具有非常大的吸引力，例如B波段激發的熒光探針FLTC/GFP標記的樣板，在藍光LED激發下了可以獲得非常好的圖像，而廣泛應用于免疫熒光檢測領域。多波段LED光源可選，并可控制每一個LED的亮度，可以實現多波長的選擇激發，便捷。熒光色：365nm紫光；395nm純藍；455nm藍綠色；505nm綠色:；530nm純綠色；590nm黃色；630nm紅色。
